通过脚本使用SPM12

Alex

一、使用脚本的必要性

1. SPM12里有些模块的图形界面（GUI）只能处理单个被试，比如，Specify 1st-level，但是实践中不可能只处理一个被试，如果每个被试都用GUI设置一遍，非常繁琐而且容易出错。

2. 使用脚本可以更容易把不同处理模块串联起来。一旦建立了一个处理流程后，相似的数据集可以重复使用脚本。当然，SPM12的Batch System也可以使用图形界面的方式将不同处理模块串联起来，但是还是会有无法处理多个被试的困难。

3. 更容易和其他处理软件结合起来使用。

4. 更容易在集群服务器上使用。

二、使用方法

1. 针对某一个模块（比如，Segment模块），使用GUI设置一个被试的数据并运行。

2. 在图形窗口菜单栏选择File -> Save Batch and Script，会生成*.m和*_job.m两个文件，其中*表示设置的文件名，*_job.m里包含进行Segment任务所需要的代码，如下图所示：





3. 在上述代码最开始的部分加上初始化的代码，在结束的部分加上运行任务的代码，如下所示：

1. %% initialize
   
2. spm('defaults', 'fmri');
   
3. spm_jobman('initcfg');
   
4. %% some job-related code
   
5. matlabbatch{1}.spm...=...;
   
6. %% run current job
   
7. spm_jobman('run', matlabbatch);

复制代码

4. 比较使用GUI和使用脚本得到的结果是否一致，确保脚本正确。

5. 添加一些循环和输入输出的Matlab代码来处理所有被试的数据，需要一些基本的Matlab编程知识，这里不做介绍。

一个更完整的例子可以参考我的博客：https://learning-archive.org/?p=491。我个人对SPM12日常使用不多，还在积极学习中，有不准确的地方，欢迎指正。

三、参考资料

1. SPM12的官方文档：https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/doc/manual.pdf

2. SPM12的官方教程：https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/docs/tutorials/